El Proyecto Tres en Raya tiene como objetivo conocer e intercambiar experiencias innovadoras desarrolladas en los centros integrantes de la agrupación en ámbitos como la sostenibilidad, la educación intercultural, la educación para la paz, la inclusión, las TIC y el fomento de la salud. La iniciativa se enmarca en un programa estatal que promueve proyectos comunes entre centros públicos de diferentes comunidades autónomas para favorecer la innovación, la inclusión y la cooperación educativa.

Asimismo, el programa persigue establecer lazos entre las comunidades educativas de los centros participantes para fomentar la cohesión social, la integración entre comunidades autónomas y la interculturalidad. De este modo, se busca promover un sentimiento de pertenencia a la agrupación y generar vínculos afectivos de hermandad entre todos sus miembros.